在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
植田佳奈 小清水亚美 钉宫理惠 白石凉子 伊藤静 福山润 早见沙织 赤崎千夏 水桥香织 辻步美 大原沙耶香 长妻树里 内田真礼 丰田萌绘 佐藤利奈 茂吕田和江 伊达朱里纱 佳村遥 中津真莉 寿美菜子 野田顺子 中原麻衣 斋贺光希 斋藤千和 清水香里 丰口惠美 进藤尚美 悠木碧 内山夕实 东山奈央 樱井真子 花泽香菜
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悠木碧 水树奈奈 高垣彩阳 日笠阳子 南条爱乃 茅野爱衣 井口裕香 久野美咲 石川英郎 保志总一朗 赤羽根健治 濑户麻沙美 市道真央 寺川爱美 市之濑加那 山路和弘 麦人 关俊彦 日高法子 草尾毅 堀江由衣 寿美菜子 石上静香 村濑迪与 井泽诗织 田泽茉纯 水濑祈
相叶裕树 浅沼晋太郎 日笠阳子 井口裕香 池田纯矢 渡边明乃 东地宏树 泽城美雪 浅野真澄 伊藤静 铃木千寻 大原沙耶香 野岛裕史 鸟海浩辅 日高里菜 近藤隆 藤原贵弘 布里德卡特·塞拉·惠美 东山奈央 明坂聪美 梁田清之 绿川光 久野美咲 杉田智和 三瓶由布子 齐藤壮马 代永翼 雨宫天 铃木爱奈 山下百合惠
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