在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
森田成一 折笠富美子 斋藤千和 江原正士 安元洋贵 森川智之 大塚明夫 朴璐美 伊藤健太郎 塚田正昭 樱井孝宏 桧山修之 中尾隆圣 梁田清之 游佐浩二 久川绫 钉宫理惠 下屋则子 川上伦子 置鲇龙太郎 立木文彦 石川英郎 西凛太郎 望月久代 福山润 真殿光昭 杉山纪彰 松冈由贵 本田贵子 三木真一郎
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